UpupBBでできました。たぶん新し目のjwmならできるはず。

altキーを押しながらの左クリックしながらのドラッグをwinキーに変更するには

/root/.jwm/jwmrc-personal

jwmrc-personalというファイルをエディタで開いて

<MoveMode coordinates="off" coordinates="off" delay="1000">opaque</MoveMode>

これを

<MoveMode mask="4"  coordinates="off" coordinates="off" delay="1000">opaque</MoveMode>

に変更する。

あと、StretchDogとinuxBeanでもほぼ似たような方法でできました。順番でいうとUpupBBが最後にできました。できないと思っていたのが、これかなぁっていう感じでうまくいきました。